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L'église Saint Louis est reconstruite en 1675.
Son clocher est surmonté d'une flèche de pierre dont la sobriété désigne bien la modestie de cette église, dans le quartier de Ferrières, le plus pauvre de Martigues au XVIIème siècle.
A remarquer accolé à l'entrée, le portail rustique au fronton brisé de l'ancienne chapelle des Pénitents Bleus.
Ferrières : Avec environ 800 habitants, principalement pêcheurs et artisans, le quartier de Ferrières est le plus modeste (et le moins peuplé) des trois. D'axe est-ouest, la rue principale, que l'on appelle aussi rue Droite, traverse Ferrières de la porte de Fos jusqu'à l'étang de Berre. Ouverte sur l'étang, Ferrières est défendue, côté nord, par une muraille, encore visible de nos jours boulevard du 14 juillet. Le quartier possède son église ainsi que deux chapelles. On y recense aussi un four et un moulin à huile.
L'île : L'île occupe une position centrale entre Jonquières et Ferrières, auxquels elle est reliée par des ponts. C'est le plus vaste, le plus peuplé et le plus prospère des trois quartiers. Environ 2000 habitants y vivent, parmi lesquels le cadastre dénombre pas moins de 391 propriétaires fonciers, soit 52% de la nouvelle commune. Très dense, l'habitat s'y répartit de façon équilibrée au nord et au sud de la rue Droite (aujourd'hui, rue de la République). A la fin du XVIème siècle, ses murailles n'étaient plus que ruines, alors que, 200 ans auparavant, elles en faisaient le quartier le plus sûr. L'île possède deux places : le Plan de la Tour et l'Arénier, l'actuelle place Mirabeau. On y trouve les maisons les plus riches appartenant à des bourgeois et à des commerçants, ainsi que des équipements publics importants, utilisés par les autres quartiers : une école et un jeu de Paume.
Jonquières : Le quartier de Jonquières compte alors un peu plus de 1000 habitants. Il est séparé de l'Ile par deux ponts, via une autre île, le plan de Meyran, aujourd'hui disparue. Mis en place entre le XIIIème et le XIVème siècle, son plan se caractérise par un quadrillage régulier de part et d'autre de la rue Droite, l'actuelle rue Lamartine. Directement en contact avec l'étang au nord et à l'est, le quartier est doté de murailles côté terre, au sud et à l'ouest, qui ont été remaniées à plusieurs reprises. Jonquières n'a qu'une seule place, celle de l'Église, et deux fours seigneuriaux pour tout équipement collectif.
21 avril 1581, Martigues devient une commune.
4 juillet 1580, Henri III, Roi de France, a érigé Martigues en Principauté. Il veut pacifier cette partie du royaume, en proie aux guerres de religion et aux luttes princières. L'affaire est menée sur place par son représentant, le duc Henri d'Angoulême, frère bâtard du roi, gouverneur de Provence, grand prieur de l'ordre des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem. Amiral de la flotte de Levant, il s'est également assigné la mission de restaurer la flotte en Méditerranée en proie aux menaces et prétentions espagnoles.
Sur ce plan, Martigues revêtait une importance stratégique considérable sur la côte provençale, grâce à son avant-port et à sa forteresse de Bouc qui contrôle l'accès à l'étang. Mais avec ses trois communautés rivales, Martigues offrait l'image de la division : Jonquières dépendait de l'abbaye de Montmajour, Ferrières de l'archevêque d'Arles et l'Ile était sous l'autorité du Comte de Provence.
C'est donc à la demande du roi que, le 21 avril 1581, dans l'église Saint-Louis de Ferrières, les 18 représentants de chacune des trois communautés approuvent leur fusion en une seule ville : Martigues.
