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La première citation de l'église se trouve dans une bulle de confirmation des possessions du prieuré clunisien de Saint-Orens d'Auch du pape Pascal II au prieur Roger de Montaut, en 1115. L'existence de l'église avant 1060 est probable si on la relie à une citation du transport du buste de saint Mamet à Nogaro pour une consécration solennelle à cette date. La construction de ce prieuré correspond à l'époque où l'abbaye de Cluny organisait les chemins du pèlerinage de Saint-Jacques-de-Compostelle. Deux inscriptions de dédicaces du chœur à saint Mamet, le 22 septembre, et de la chapelle méridionale à saint Jean l'Évangéliste, saint Orens et sainte Foy, le 15 décembre, dont les caractères utilisés sont d'une grande rareté ont amené Paul Deschamps à les rattacher à l'époque carolingienne ou au début du XIe siècle. Il n'existe pas d'autres documents permettant de retracer les origines de cette église. Son architecture peut cependant permettre de la dater en la comparant à des églises existantes mieux documentées. L'église du XIe siècle devait comprendre le chevet actuel avec son chœur et ses deux chapelles parallèles. Ceux-ci devaient se raccorder à un transept non saillant sur lequel arrivait la nef unique placée dans l'alignement du chœur et dont il ne subsiste plus aujourd'hui que les piliers. Les murs romans de la nef ont été démolis quand il a été décidé de créer les collatéraux. L'architecture de ces bas-côtés permet d'établir que celui du Sud a été créé en reprenant des murs des bâtiments de l'ancien prieuré. Celui situé côté Nord a été construit après les guerres de religion, au XVIe siècle ou XVIIe siècle. Le transept roman a été prolongé par une chapelle côté Nord et par la sacristie côté Sud. Un des contreforts de la chapelle septentrionale porte la date de 1759. Le couvrement de la nef centrale a été refait en 1883 par une fausse voûte en plâtre pour remplacer un lambris. Le transept est couvert, au droit de chaque de chaque chapelle et du chœur, par trois coupoles ovoïdes datant de 1884 et remplaçant une charpente. Un courrier de l'archevêque d'Auch au préfet du Gers semble montrer que la chapelle septentrionale et la sacristie étaient couvertes chacune d'une coupole qui ont été démolies en 1885. Les collatéraux sont plafonnés. L'église est classée au titre des monuments historiques en 1972. Ce qui a attiré les historiens de l'art, c'est le plan original du chevet de l'église. Il est en effet constitué de trois éléments totalement séparés- chœur et chapelles latérales échelonnées. Chacun de ces éléments est constitué d'une partie droite se terminant sur une abside semi-circulaire voûtée en cul-de-four et placé dans un massif rectangulaire. Ce plan d'église cloisonné a une origine orientale et s'est diffusé en Occident pendant le Moyen Âge. Les cul-de-four existants ont été refaits maladroitement. La voûte de l'abside du chœur ne pourrait dater que de 1850. Les fenêtres qui l'éclaire ont dû être faites à cette époque. En regardant le chevet, on s'aperçoit que les trois fenêtre originelles, aujourd'hui bouchées, sont plus basses. L'abside était donc plus écrasée qu'actuellement. Cela permettait d'avoir une chambre au-dessus du chœur une grande salle éclairée par trois fenêtres.
