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Proculus, évêque de Marseille (380-430) accueille favorablement Jean Cassien. Anachorète, Cassien est certainement l'initiateur de la vie monastique à Marseille cependant, il est peu certain qu'il soit le fondateur d'une abbaye, les témoignages archéologiques de Saint-Victor remontant seulement à la fin du Ve siècle. Un culte s'organise à l'emplacement de l'actuelle abbaye, autour d'une tombe que l'on vénère et dont la tradition, une fois encore, prétend qu'elle abrite les reliques du martyr éponyme marseillais du IVe siècle.
Les cryptes conservent en réalité des témoignages archéologiques très précieux qui attestent de la présence d'une carrière exploitée à l'époque grecque, puis d'une nécropole hellénistique (IIe siècle avant Jésus Christ) dont la vocation persistera à l'époque chrétienne. On en perd la trace entre le VIIe siècle et la fin du Xe siècle. En effet, Saint-Victor connaît comme toute l'Europe Occidentale des périodes obscures, invasions normandes et sarrazines.
En 977, la vie monastique renaît sous l'impulsion de l'évêque Honorat et du premier abbé bénédictin Wilfred qui soumet l'abbaye à la règle de Saint-Benoît. En 1020, un moine catalan, Isarn, devient maître des novices et entreprend les grands travaux on lui doit la construction de la première église haute à laquelle appartiendrait la tour (dite d'Isarn) par laquelle on accède aujourd'hui dans l'église. L'autel majeur sera consacré en 1040. De la fin du XIIe siècle jusqu'au XIIIe siècle, l'abbaye est entièrement reconstruite selon les règles des bâtisseurs romans. C'est à Guillaume de Grimoard, alors abbé de Saint-Victor (qui deviendra pape en Avignon sous le nom d'Urbain V) que l'on doit la fortification du monastère l'ensemble sera inclus dans le système de défense du port par son successeur Grégoire XI. Dès le XIe siècle et jusqu'au XVIIIe siècle, Saint-Victor jouit d'une totale hégémonie sur toute la chrétienté du bassin méditerranéen, de la Catalogne à l'Italie. Progressivement la ferveur monastique décroît et amène la sécularisation de l'abbaye en 1739 par ordre papal. La Révolution va transformer l'église en dépôt à fourrage, prison et caserne, ce qui évitera sa démolition elle sera rendue au culte sous le premier Empire et restaurée au XIXe siècle. L'église sera élevée au rang de basilique mineure en 1934 par le Pape Pie XI.
Le buffet classique de l'orgue à deux corps a été reconstitué en 1974 et la partie instrumentale de Zeiger réutilise des tuyaux du XVIIème.et du XVIIIème. siècles. Plusieurs reconstructions de l'orgue : reconstruction d'un instrument romantique et reconstructions harmonique. La partie instrumentale est inscrite dans l'inventaire supplémentaire des Monuments Historiques.
Chaque année au moment de la Chandeleur un pèlerinage important a lieu à Saint-Victor. Le 2 février au matin, une procession part du Vieux-Port vers Saint-Victor en empruntant la rue Sainte. La Vierge noire conservée dans les cryptes est revêtue de son manteau vert et est présentée à la foule massée sur le parvis l'archevêque la bénit, célèbre la messe et se rend ensuite au Four des Navettes .
Prêtre : Bernard Lucchesi.
Messe du lundi au vendredi à 18h30 dans la chapelle du Saint Sacrement, le samedi à 9h dans les cryptes (sauf en juillet et août) et à 18h30, le dimanche à 9h et 11h.
